Ghi nhận những giá trị lịch sử - văn hóa của di tích, năm 1991 Bộ Văn hóa - Thông tin (nay là Bộ Văn hóa - Thể thao và Du lịch) đã ban hành quyết định, xếp hạng miếu Trịnh Phong là Di tích lịch sử - văn hóa Quốc gia.

Theo tài liệu của Trung tâm bảo tồn di tích tỉnh Khánh Hòa, ông Trịnh Phong sinh ra ở làng Phú Vinh, tổng Xương Hà, huyện Vĩnh Xương (nay thuộc thành phố Nha Trang). Năm 1864, ông thi đậu cử nhân võ và được triều đình nhà Nguyễn phong chức Đề đốc, nhậm chức tại Quảng Nam.

Sau khi thực dân Pháp nổ súng xâm lược nước ta, triều đình nhà Nguyễn chia thành 2 phe chủ chiến và chủ hòa. Trước tình hình này, ông Trịnh Phong từ quan, trở về quê hương nung nấu ý chí, chờ đợi thời cơ đánh đuổi quân xâm lược.

Năm 1885, vua Hàm Nghi ban Chiếu Cần Vương kêu gọi nhân dân cả nước đứng lên giúp vua cứu nước. 

Tại Khánh Hòa, Trịnh Phong cùng nhiều thân hào nhân sĩ đứng lên thành lập "Bình Tây cứu quốc đoàn", kêu gọi nhân dân gia nhập nghĩa quân, đóng góp lương thực, luyện tập binh sĩ, đúc rèn vũ khí sẵn sàng chiến đấu chống thực dân Pháp xâm lược.

Nhờ đức độ và tài trí hơn người, Trịnh Phong được nghĩa quân và nhân dân tôn làm Bình Tây Đại tướng, thống lĩnh nghĩa quân.

Trong quá trình chiến đấu, ban đầu nghĩa quân giành được nhiều thắng lợi vẻ vang.

Đến năm 1886, Pháp điều thêm quân và vũ khí để đàn áp phong trào. Sau đó, nhiều tướng lĩnh của nghĩa quân trong đó có Trịnh Phong bị xử trảm.

Phong trào Cần Vương ở Khánh Hòa bị dập tắt nhưng tinh thần chiến đấu anh dũng kiên cường, bất khuất đã để lại trong lòng nhân dân Khánh Hòa một tình cảm đặc biệt sâu sắc. Nhân dân đã suy tôn 3 thủ lĩnh của phong trào Cần Vương tại Khánh Hòa là Trịnh Phong, Trần Đường, Nguyễn Khanh với danh hiệu "Khánh Hòa tam kiệt".